La vérification des marchandises déclarées se fait via un système de contrôle sélectif.

La vérification des marchandises déclarées dans les bureaux de douane peut s’opérer dans les magasins de douane ou dans les lieux désignés à cet effet par l’Administration des douanes à savoir :

- Les magasins sous douane des ports, des gares routières ou ferroviaires et des aérodromes

- Les bureaux de poste pour le contrôle douanier des envois par la poste

- Les entrepôts de stockage et entrepôts industriels francs

- Les magasins et aires de dédouanement (MEAD)

- Les usines, ateliers ou établissements produisant la matière fiscale

- L’enceinte des unités industrielles ou commerciales autorisées à dédouaner à domicile (Cf. prospectus sur les facilités douanières).

Le transport des marchandises sur les lieux de la vérification, leur déballage, leur remballage et toutes les autres manipulations nécessitées par la vérification sont effectuées par les travailleurs en douane (Cf. articles 82, 83 et 84 du code des douanes) aux frais et sous la responsabilité du déclarant.

La vérification est réalisée (en présence de l'opérateur ou son mandataire) par un inspecteur chargé des opérations de dédouanement et éventuellement les services sanitaires/phytosanitaire, etc...selon le produit importé.

Si, à l’expiration d’un délai de trois (03) jours à compter de la date d’enregistrement de la déclaration en détail, le déclarant ne s’est pas présenté pour assister à la vérification ou ne s’est pas fait représenter, la Douane procède d’office à la vérification des marchandises déclarées.

Le déclarant peut contester toutes les décisions de la Douane. Il peut donc faire des recours ou demander l'examen de son cas devant la commission régionale de concertation et le cas échéant, la commission nationale de recours.

À titre d'exemple, le déclarant peut demander de soumettre des échantillons des marchandises déclarées objet de contestation, à de nouvelles analyses à effectuer par un laboratoire tiers, autres que celui désigné par le Ministre chargé des finances.

Les frais résultant des recours aux laboratoires d’analyses sont à la charge :
- de l’Administration des Douanes lorsque les résultats de l’analyse confirment les éléments de la déclaration du redevable
- du redevable lorsque les résultats de l’analyse infirment les éléments de sa déclaration.